Gilles Thomas est aujourd'hui reconnu comme le plus grand spécialiste des souterrains parisiens. Il est l’auteur d'une douzaine d'ouvrages sur le sujet, dont  l’Atlas du Paris souterrain (Parigramme, 2016 - prix Haussmann 2017) et de Catacombes. Histoire du Paris souterrain récompensé par l’Académie Française (Le Passage, 2015 - prix Ève Delacroix 2016). Il intervient régulièrement en tant qu'expert auprès d’écrivains, cinéastes ou journalistes (BBC, Discovery channel, National geographic, NHK…).